大家好，欢迎观看《时空日报》第34期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计3篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、单细胞转录组分析和蛋白质组学揭示IgG4相关疾病中广泛的免疫系统激活
(相关资料图)
Single-cell transcriptome analysis and protein profiling reveal broad immune system activation in IgG4-related disease
JCI Insight; IF: ; DOI: .167602
内容概要：通过对IgG4相关疾病（IgG4-related disease，IgG4-RD）的单细胞转录组和蛋白质组分析，发现IgG4-RD患者中浆细胞增生，CD4+和CD8+细胞增多，γδT细胞增加，这些细胞的活化和化学趋化作用增强，但抑制性受体受到抑制。此外，不同器官中存在不同组成的淋巴细胞浸润。该研究揭示了IgG4-RD的免疫系统广泛激活的特征，为该疾病的治疗提供了潜在的靶点。
2、BEENE：基于深度学习的非线性嵌入改善批次效应估计
BEENE: Deep learning based nonlinear embedding improves batch effect estimation
Bioinformatics; IF: ; DOI: /bioinformatics/btad479
内容概要：介绍了一种名为BEENE的深度非线性自编码网络，用于RNA-seq数据中批次效应的估计。BEENE可以同时学习批次和生物变量，生成适用于线性和非线性批次效应的低维嵌入。与主成分分析（principal component analysis，PCA）嵌入相比，BEENE在检测和量化批次效应方面更加稳健和敏感。该方法在多个模拟数据集和生物数据集上进行了评估，包括鼠胚发育细胞、外周血单核细胞和胰岛细胞等。
3、深度空间分析委内瑞拉马脑炎病毒：揭示神经炎症和细胞死亡中增加的遗传多样性
Deep spatial profiling of Venezuelan equine encephalitis virus reveals increased genetic diversity amidst neuroinflammation and cell death during brain infection
Journal of Virology; IF: ; DOI: -23
内容概要：通过对小鼠脑部8个区域进行RNA测序，发现委内瑞拉马脑炎病毒（venezuelan equine encephalitis virus，VEEV）复制在5-6天后达到高峰，神经元是主要的病毒复制位点。同时，病毒的遗传多样性也在5天后达到高峰，表明病毒在脑内受到选择压力。炎症反应和免疫细胞的浸润与病毒水平呈正相关，同时也与神经元的损伤以及微胶质细胞和星形胶质细胞的活化有关。这些结果有助于理解VEEV的病理生理学和遗传学变化，为开发治疗VEEV感染提供重要的参考。
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